Pues básicamente que en el Doctor v64 tienes unos botones en el propio aparato para cargar los juegos, tienen que tener una extensión en concreto, etc. El CD64 PLUS es más reciente, con un menú al encender la consola en el que puedes gestionar todo, grabar las partidas al Cd64 para después pasarlas a la tarjeta de memoria, se pueden cargar los juegos con cualquier formato, etc. En definitiva, es más completito y fácil de manejar.