En USB Loader GX tienes que elegir el juego que quieras en la lista y cuando te salga el disco dando vueltas, tienes que clicar en opciones. Te saldrán las opciones personalizadas para ese juego. Habrá una opción que se llame "Alternative dol", clicas en ella y te saldrán todos los dols que tiene la iso. Elige el que quieras.
En Wiiflow no sé cómo será ya que no lo uso, pero no debe ser muy diferente.
Por otro lado, si instalas el cIOS D2X ya no necesitas hacer lo que te he dicho antes.