La verdad no veo la conmoción porque guarde las contraseñas en plano, usando rot13 u cualquier otro cifrado "reversible", si quieren un poco de seguridad en como se guardan las claves pues usen un cliente con soporte para servidor de claves como gnome-keyring, kwallet, etc (creo que kmess viene con soporte para kwallet).
Esa es la brecha entre comodidad y seguridad, puedes dejar que tu cliente de IM guarde las contraseñas para no tener que escribirlas cada vez por comodidad o no habilitar la opción de que las guarde por seguridad.