Pues también depende del tipo de disco que sea el de 3,5'', ya que si está pensado para almacenamiento, mejor no instalar el SO ahí. (Caviar Green o el equivalente en Seagate o Samsung)
Respecto a tu otra pregunta, con los discos SATA ya no hay maestros ni esclavos, lo enchufas, opcionalmente le asignas una letra desde el administrador de discos de Windows (botón derecho en Equipo, administrar, administrador de discos), aunque es posible que te lo detecte automáticamente; y no hay que formatear ni nada.