Tienes que ponerlos en la raíz de la Memory Stick, como tú dices en una carpeta llamada "seplugins" (sin comillas).
Dentro de seplugins, dos archivos de texto *.txt, llamados vsh.txt y game.txt respectivamente.
Dentro de vsh.txt tienes que escribir el nombre exacto del plugin que vas a utilizar, en este caso para el menú XMB.
Dentro de game.txt tienes que escribir el nombre exacto del plugin que vas a utilizar dentro de un juego.
Saludos.