mldonkey no se mete en el menú, porque no lo "verías", ya que se ejecuta en segundo plano.
Instala una gui como Kmldonkey o mldonkey-gui (la oficial), para poder controlarlo, y eso si que aparecerá en el menú. Para ejecutar el core (lo que es en realidad el mldonkey) o lo haces desde una consola, desde ejecutar del menú K, o instalas mldonkey-init para que se ejecute al inicio del sistema.
De todas formas esto está más que comentado en el hilo del programa.