Supongo que sabrás cómo formatear el HD y las unidades que debe tener C:, E:, F:, X:, Y:, Z:
Bueno, suponiendo que sabes esto, para meter los juegos lo puedes hacer tanto en E: como en F:
Para que te los reconozca el dash que tengas instalado, por lo general en todos funciona que metas los juegos en una carpeta que se llame "games" que esté en el raíz, y dentro crear una carpeta por cada juego que quieres meter, da igual el nombre, el dash leerá el default.xbe para saber qué juego es, así que no te preocupes por eso.