Respondiendo:
1. No, la CPU-Key son los Fusesets 3+5 o 4+6 (no la suma, la concanatación de ambos [si te fijas, 3 es igual a 4 y 5 es igual a 6])
2. Si mantienes la de la NAND te aseguras que el KV y el Config es correcto, ya que están ya en la NAND y sabes que son funcionales (es más, esta aplicación se creo inicialmente con la idea del XBR, en el que simplemente debías de inyectar tu KV y tu config, y si la aplicación ya te los mantenía pues eso que te ahorrabas de hacer), si seleccionas que no los mantenga usará los que estén en la imagen a flashear (si son correctos no pasará nada, si son erroneos pues la 360 no arrancaría xD)