Pues se me ocurren tres formas de hacerlo
(en realidad 2 son casi lo mismo)
Lo primero es instalarlo normal (si te deja) y a la hora de compartir le dices que no)
Otra forma es usando el partition magic, instalas en un disco, luego pones el otro como activo y este lo ocultas y los arrancas usando el boot del p.magic. Yo esto lo he hecho con un único disco duro y me ocultaba la otra automáticamente, en dos hdds no se como irá.
La otra forma es lo mismo que la anterior pero a lo bestia. Instalas en un disco duro, lo desconectas e instalas en el otro y utilizas un gestor de arranque y no compartes el otro hdd.
De todas formas todo eso es un poco rollo, pq no usas cuentas distintas y ya? ¿o pq no usas el linux mejor que tanto equispés?
Un saludo