Hola:
Pues cuando yo flashee mi consola me encontre con un error parecido. En la Bios del PC me aparecia el lector de la xbox360 pero luego el mtkflash no encontraba el lector. Creo que es problema de compatibilidad entre chipset y mtkflash.
Para solucionarlo os recomiendo usar programas como el de Flash78, que usa un mtkflash idoneo con vuestra placa o el programa xtreme boot maket, donde poneis el tipo de controladora que teneis y os hace un disco de arranque (diskette o USB) con el mtkflash correcto. Yo lo consegui de la 2ª manera. Tb use el XSam 0.5 para crear el firm desde el original.
Espero haber ayudado
Salu2