Aqui expones dos posibles causas: o la DS o el M3. Para ver si es la DS, juega unos dias con juegos originales, prueba a sacarlos y meterlos, etc si no te falla es que es el M3. Normalmente la ds no falla casi nunca.
Respecto al M3: algunas veces da fallos los contactos del mismo, mira a ver si estan sucios, limpialos con algodon y alcohol. Para intentar arreglar la micro SD, antes de nada, prueba a formatear la tarjeta de nuevo con FAT y carga de nuevo todos los datos. Muchas veces es simplemente que la memoria esta fragmentada, hay errores, etc. Ayuda bastante.
Si todo esto te falla, desmonta el M3 y comprueba que los conectores de la micro con el M3 estan bien y limpios, mira si hace buen contacto y engancha bien.
Si nada de esto funciona, la última opción: comprate otro M3.
Saludos,