Solo puedes hacer una cosa, te vas a MiPc (si usas xp) o a Equipo (si usas vista) y te vas a la tarjeta de memoria; pinchas con el boton derecho y seleccionas "formatear". Se te abrirá una pantalla estrecha, le das a formatear (asegurate que la pestaña "formato rapido" NO esta marcada), en las opciones de formato elige FAT o FAT32, lo que prefieras.
Luego debes saber la marca del cartucho que tienes (M3, N5DS, Acekard, etc...) y buscar los archivos que lo hacen funcionar. Normalmente es irse a la pagina del fabricante y bajarse los ultimos archivos y meterlos en la tarjeta de memoria.
Por ultimo, pillas las copias de seguridad de tus juegos y las metes tambien en la tarjeta segun te indique el fabricante del cartucho flash (los dos que he probado se metian directamente en la tarjeta de memoria).
Si no te aclaras con esto ultimo, averigua la marca del cartucho y busca en este mismo foro el hilo oficial y ahi seguro que te lo explica todo
Saludos