El menú principal del R4 tiene 3 opciones:
Games (para cargar aplicaciones de nds y juegos)
MoonShell (para ver videos)
Slot-2 (para acceder al contenido de la otra Slot)
Al seleccionar la Slot-2, se ejecuta lo que tienes. Es decir, en mi caso si tengo la CycloDS, se me ejecuta el soft de la CycloDS (su menú de elección de programas, etc...). Si por ejemplo tuvieras una aplicación de NDS en la Cyclo, podrías ejecutarla desde ella (pero no podrás ejecutar lo que tengas en el Slot-1), y teniendo el R4 en el slot-1, si es un back up de uno de tus juegos, se ejecutará sin problemas.
Espero haberte aclarado algo. Un saludo