Pues no tengo ese flash pero no hace falta que uses el manager del M3 para nada, almenos para este emulador.
Lo que tienes que hacer es poner las roms de la master y el "archivo.nds" (masterplus.nds o el nombre que tenga) en la targeta de memoria.
No recuerdo si en la anterior version los juegos ivan en una carpeta especifica, en el directorio raiz de la targeta o valia en cualquier sitio.
Una vez hecho esto lo que tienes que hacer es parchear el archivo.nds para darle soporte DLDI. Hay alguna guia por el foro de como se hace y es bastante sencillo.
Puedo haberme equivocado pero sin pensarlo mucho esto es lo que tienes que hacer. De todas formas, seguro que cuando te bajes el emulador hay algun .txt que explique lo que tienes que hacer paso por paso, hay que ser menos vago y leer mas.
Lo de renombrar los archivos, si te estas refiriendo a la roms creo que en la anterior version del emulador valia cualquier nombre.
