Yo no le veo sentido práctico, igual con cuentas con privilegios mínimos para un uso diario te valdría para evitar en lo posible esas infecciones (Además de, eso sí, hacer las copias de seguridad que comentas y, si es posible en medios extraíbles, los cuales no deberás conectar más que para las copias de seguridad. Si es posible, usa varios discos distintos como destino para esas copias).
Por mucho que tengas dual boot, lo que se infectase en el SO A y arranques con el SO B seguirá infectado... por otro lado, si haces copia de seguridad de un sistema infectado, tendrás una copia de seguridad de archivos infectados.
En resumen, entiendo que al tener un dual boot con ese fin, simplemente gastas más espacio de disco y, además, consigues menor operabilidad (siempre que solamente tengas el segundo SO con el único fin de las copias de seguridad...).