A mi activando la opción que dice Elazul, no tengo stuttering, de hecho es una de las cosas que más me gustan del emulador, porque en otros, como por ejemplo el antiguo ePSXe, tener stuttering era inevitable.
Eso sí, supongo que habrás tenido en cuenta que si juegas PAL (que van a 50 Hz) en un monitor de 60 Hz, vas a tener stuttering sí o sí, ahí no hay más vuelta de hoja, aunque el emulador también tiene una opción para forzar los 60 fps en juegos PAL, solo funciona bien en pocos casos (básicamente, en los juegos que tienen framerate desbloqueado). Siempre que puedas, usa la versión NTSC.