Al jugar no deberían parpadear. Tanto la DS como la 3DS alguna vez me ha parpadeado justo en el momento en que la batería se acababa completamente, pero claro, eso es normal.
Ojo, también podría no ser cosa de la consola, yo de ti probaría primero en otro enchufe y si no, con otro cargador (que te lo deje un amigo o algo) ya que podría ser un problema de que la corriente no sea estable.