Lo que tienes que formatear es la sysNAND, no la emuNAND, de forma que:
- sysNAND 9.2 "virgen", sin nada configurado. No tendrás que usarla para nada (Salvo para instalar cias de GBA y la instalación del homemenuhax).
- emuNAND 10.3 (o 9.5 en la New 3DS) con todas tus configuraciones, amigos, juegos...
Es decir, en la sysNAND pierdes todo, sí, pero lo conservas en la emuNAND que es la que vas a usar el 99,9% del tiempo.