bueno, corro el riesgo de equivocarme, ya que soy novatillo, pero eso que comentas creo que debido al tema de la particion swap, es decir linux utiliza un espacio de tu disco duro como memoria de intercambio, cuanta ram tienes?¿, si andas muy justo es muy probable, que el sistema haga uso de ella frecuentemente...
otra cosa cuanto tamaño le asignaste a la particion swap, por lo que se normalmente es el doble de la ram que tienes, es decir si tienes un giga de ram, la particion swap, debera de ser deal menos 2 gigas de hd...