El runlevel S es para single user, arrancando en modo normal no se iniciarían esos servicios (en realidad el runlevel de single user es 1, pero S se usa sólo para scripts de servicios que se ejecutan al entrar en runlevel 1).
Los servicios sólo se detienen al cambiar de runlevel si en el nuevo runlevel está especificado que se deba detener ese servicio en concreto, si no por defecto lo que estuviese corriendo en el runlevel anterior sigue corriendo en el nuevo.