Como dices sólo puedes instalar en el interno.
La única solución si quieres usar el nxe2god es, como comenta otro compañero, instalarlo en el interno, pasarle el NXE2GOD y luego mover la carpeta del juego al disco externo.
Ahora bien, el nxe2god no hace el padding, sólo "parchea" los juegos, por lo que los juegos no ocuparán menos, como ocurre cuando aplicas el iso2god.