No debería funcionar... debe arrancar con el swap magic original porque es un supuesto disco original, luego lo cambias sin que la ps2 se entere y se cree que sigue teniendo el original, si arrancas sin el disco dentro no lo podrás hacer... aunque alomejor puedes renovar la toc con cualquier juego original, es cuestión de probarlo.
Edito: Si que funciona, he probado a ejecutar el swap magic 3.8 desde un pendrive usando el ulaunchelf teniendo un dvd de ps2 original en el lector, cuando arranca el swap magic se hace swap como lo harías normalmente y voilá :3