Primero... que version tienes?? Para que quieres actualizar??
Y de lo que preguntas... es conmutativo, es decir, lo mismo da que actualices primero o despues, las actualizaciones hasta ahora no afectan al chip.
PD - Diras... entonces pa que me pregunta la version?? Pues porque si no te hace falta actualizar no actualices, si tienes 3.0, 3.1 o 3.2, no actualices hasta que no sea estrictamente necesario. Si tienes otra o te hace mucha falta actualizar entonces te recomiendo que instales primero el chip y asi instales el HBC (hay un tutorial bastante bueno por aqui), a no ser que tengas el Zelda, con lo cual da lo mismo si actualizas antes o despues de instalar HBC.