El problema de los drivers de amd/ati es con el servidor gráfico, no es compatible con las últimas versiones, como la que incluye ubuntu 9.04, por eso te dice que va a bajar el rendimiento ya que se usarán los libres. Por eso, directamente, en muchas distribuciones ya no hay soporte para amd/ati con driver privativo.
Me imagino que en ubuntu no tendrás que hacer nada para usar el driver libre, ya te lo detectará.
Como bien dices, no podrás actualizar de 32 a 64 bits sin reinstalar. Si tu procesador soporta 64 bits, adelante.