mira, el canal homebrew lee los boo.dol/elf desde esa dirección, la "carpeta" se debe de llamar como quieras, es solo para contener y separar los boot.dol/elf, no importa el nombre de la carpeta, solo que sepas reconocerlas, es recomendable poner el nombre del homebrew.
por ejemplo: F:/app/Wad_Manager/boot.elf
y si es muy recomendable hacer la copia de la NAND, e instalar el bootmii como boot2, ia que si pasa un brick solo insertas la sd, prendes la consola, de inmediato aparecerá el bootmii, y si tienes la copia de la NAND solo la restauras y sigues con tu vida normal.
los riegos que puedes tener al hacer la copia de la NAND son mínimos comparados con los de un fullbrick, así que mejor copia la NAND.