Backup es una copia de seguridad de tus originales (teóricamente claro). Yo jugué Shenmue original las navidades pasadas y el único fallo que me dio es que al tocar cambiar el disco a veces le costaba varios intentos pillar el nuevo disco y si como dices los discos están en buen estado y el mando no falla en otros juegos supongo que la causa podría estar en la lente. Puede que este sucia o que el carro que la desplaza esté algo recio y no llegue correctamente a leer en los bordes de los discos.
Hay tutos en el foro tanto para limpiar la lente como para engrasar el carro. Yo empezaría probando eso, y sino se arregla cambiaría la lente por una nueva (cuestan 5e). Saludos