Ala tío, ¿como es posible que siempre estés dando vueltas por aquí y aún no hayas localizado los posts que hablan de esto?
Para instalar Linux debes ir a las opciones de formateo y darle una cantidad ya establecida, tras eso consulta un manual de como instalarlo.
La copia de seguridad creo que no sirve cuando vas a formatear, sólo es por si formateas todo el espacio que hay para PS3 y quieres volver a tener todo lo que tenías, pero si modificas el disco duro para que haga un partición para windows, entonces creo que no sirve. Así que te tocará hacerlo manualmente.