hummm... ¿Es una EZV o una EZVi?
De todas maneras, lo normal es que cuando arranca la DS se comporte como si tuvieses un juego original en la ranura, esto es, que si en la configuracion de la DS tienes puesto que auto-arranque directamente del slot 1 (el de juegos DS), pues te arrancará directamente, pero si lo tienes "por defecto", tal cual, pues te saldrá la pantalla de seleccionar el slot 1 (DS) o el slot 2 (GBA), además de la configuracion, pictochat, etc.
Por cierto, la version 2 RC7 ya está vieja, creo que van por la RC10. Puedes descargarte la ultima version y "machacar" encima. Así no te perderá el monshell que tienes y te actualizará el resto.
Salu2