Puedes instalar actualizaciones de juegos, pero no las del firmware de la consola, con tal de que tengas un poco de cuidado con eso puedes estar tranquilo, si desde el propio juego te dice que hay una actualización del mismo de unos 32 megas tranqui que es del juego.
Otra opción es que juegues sin la consola conectada a internet, así sí que no te preocupas de las actualizaciones xD
PD: Por lo de instalar datos en el HDD no te preocupes, es algo normal.