No sé cómo irá tu empresa,pero la mía no admite justificantes,sólo los admite para ir al médico a consulta y volver,pero en cuanto faltas un día por enfermedad pide parte de baja y el del alta cuando te reincorporas.
En el parte de baja hay una casilla que pone recaída,se supone que si estás de baja y te dan fecha de alta y vas al médico ese día con que no estás bien,pues te pondrán que has recaído y que debes de estar algunos días más de baja.
Lo mejor es que te den un parte de baja sin fecha de alta y que el médico te vaya dando citas y que te de el alta cuando él lo crea conveniente.