Mientras tenga algún tipo de formato no hay ningún problema, el disco duro se convertirá a otro sistema de archivos, el fatx, por lo que da igual si esta lleno o no.
El linux pilla tanto fat como NTFS, lo que no pilla es un disco nuevo, que no esta particionado o formateado (no se exactamente el motivo, si es por no tener partición o formato, pero no los pilla)