La categoría en la que te contraten no depende de los títulos que tengas, sino de las funciones a realizar dentro de la empresa.
Si tus funciones van a ser de programador, y el puesto de programador, dentro del convenio colectivo que te corresponda, está incluido en la misma categoría que los auxiliares administrativos, entonces todo está correcto.
Ahora bien, si tus funciones dentro de la empresa corresponden a alguien que necesita tener la titulación, entonces te deberían incluir en la categoría adecuada a esa titulación.
Para entendernos, imagina una persona que es Doctor en Medicina que es contratado en un hospital, pero para barrer los pasillos. Entonces, por mucho título que tenga, la categoría que le corresponde será la más baja, y le pagarán de acuerdo a esa categoría más baja, estando el contrato dentro de la legalidad (independientemente de lo que piense el Doctor, claro).
Ahora imagina a una persona que no tiene ningún tipo de formación, y le contratan en ese mismo hospital para realizar operaciones a corazón abierto. Evidentemente, esto sería completamente ilegal, ya que esas tareas necesitan por fuerza a alguien con la titulación necesaria.