SAL (small packet) es totalmente fiable, es lo equivalente a enviar una carta certificada (si es con tracking) por Correos, yo nunca he tenido ningún problema con cientos de paquetes que me han llegado, los únicos problemas fueron el día que usé SAL Parcel porque el paquete superaba las medidas permitidas (Que sería equivalente a paquetería en Correos por superar los 90 cm sumando las tres dimensiones o pasar de los 2kg de peso), ahí es donde te clavan aduanas xD
Y con EMS, Fedx y DHL ya ni te digo (Eso sí, al menos se dan más prisa)
Así que usa SAL small packet siempre que puedas, no te va a dar ningún problema, ni de aduanas ni de nada.
No sé si en CDJapan diferencian entre Small packet y Parcel, pero en cualquier caso es evidente por el precio, small packet nunca suele superar los 2400~2500 yens mientras que SAL Parcel no baja de 3800.