Cuando se juega a un juego de PS2 en PS3, el regulador de temperatura deja de funcionar, aunque tengamos configurado el ventilador por medio de webman mod o similar. Por este motivo la PS3 se puede calentar mucho con juegos de ps2 y el ventilador no reacciona en consecuencia.
Posiblemente la explicación a lo que te pasa está ahí. Cuando sales del juego de PS2, el chip detecta que la temperatura es excesivamente alta, cerca del sobrecalentamiento y trata de regularla activando el fan al máximo, sobre todo si tienes configurado el fan mediante alguna aplicación para que se mantenga estable por debajo de una temperatura determinada.
Como consejo, yo no jugaría juegos de PS2 en PS3 porque acabarás quemándola.
Espero haberte ayudado.
Saludos.
Pd: acabo de recordar que webman mod tiene la opción de fijar las revoluciones del fan (%) mientras se juega a juegos PS2. Una "solución" podría ser darle un valor considerable a este parámetro (como digo, se mantiene invariable), aunque nunca he comprobado que esta opción funcione correctamente. Tengo una PS3 retrocompatible y no me fio de que pete por jugar PS2.