De siempre se ha dicho que es mejor en el suelo, pero ya he leído en varios sitios por parte de varios analistas, que es mejor encima de la mesa, sobre todo porque no se mete tanto polvo y pelusas en el equipo. Yo la tengo en un término medio, encima de una balda de un mueble que no está ni a ras de suelo, ni encima de la mesa, que no me cabría. Como mi torre es de presión negativa de flujo de aire, no se me acumula apenas polvo en el interior tampoco.
Sobre la diferencia de temperatura entre ponerla en un sitio u otro, yo creo que no habrá ni un grado de diferencia, pero pruébalo tú mismo y sales de dudas, aunque si está muy empotrada contra la pared por la parte de detrás y por la parte de arriba tampoco tiene mucho sitio para evacuar el aire, entonces puede que sí haya algo más de diferencia, siempre es aconsejable dejarle sitio detrás y/o arriba para que evacúe bien el aire caliente que expulsan las torres por dichas rejillas, que suele ser donde están los ventiladores que sacan el aire caliente del interior del equipo.
Saludos.