Hay otra forma si. Si lees el readme del programa verás que pone que modificando el joysens.ini puedes cambiar los botones de mapeo pero ten cuidado de que no se dupliquen.
Busca "primarybtn = NOTEenablebtn", sin comillas, y cambia "NOTE" por el botón que mejor te venga y que no esté en uso para evitar conflictos, aunque creo que se utilizan todos, no te lo puedo asegurar ya que yo solo utilizaba el NOTE + START que es lo que tu necesitas. Igual tendrás que quitar algún botón que no vayas a utilizar y se lo asignas como botón principal, yo creo que es lo mejor.
El nombre de los botones son estos: "SELECT,START,RTRIGGER,LTRIGGER,TRIANGLE,CROSS,CIRCLE,SQUARE,LEFT,RIGHT,UP,DOWN,SCREEN,NOTE,VOLUP,VOLDOWN."
Suerte.