Que yo sepa, el que tengan wave3 algunos juegos, no afecta a la forma en que se extraen los backups. Otra cosa es que luego, el firmware Xtreme que tengas en tu consola acepte ese nuevo "wave3" y te deje jugar a ese juego. Para eso se ha sacado el iXtreme 1.51.
El programa que tu usas nunca lo he usado, yo utilizo Xbox Backup Creator, pero vamos, eso es indistinto, siempre y cuando el programa utilizado no tenga alguna logica de busqueda de ciertas particiones, que durante la extraccion/copia del juego le pueda causar algun dilema... Vamos, que lo dudo mucho. Haced vuestras copias como hasta ahora, pasadle el DVDMulleter o ABGX360 (mejor este ultimo que reconoce la wave3), y ved que os dice. Si todo es OK, entonces, no hay ningun problema.