Para que no te baneen lo único que tienes que hacer es comprar un chip con interruptor: cuando vayas a jugar por live apagas el modchip y la consola arranca como si no tuviese nada, cuando vayas a jugar con emuladores, backups etc enciendes la consola con el chip activado y listo.
Respecto a lo de tener cosas en el hd, mientras tengas el hd original de la consola no tiene por qué haber ningún problema. Si has cambiado el hd hay 2 casos:
[list=1]
[*]Te conectaste al live por primera vez antes de cambiar de hd y ahora lo has cambiado -> Baneo
[*]Te conectaste al live por primera vez una vez ya habías cambiado de hd -> No problem
[/list=1]
Si te banean, la única forma de volver a conectar al live con esa consola es consiguiendo una eeprom no baneada de otra consola y flasheándosela a la tuya.
Hay modchips que ya vienen programados y otros que no. Algunos traen una bios cromwell lista para que la primera vez que arranques el con el chip puedas flashearlo con una bios a tu gusto. Vigila si para hacer esto has de comprar programador a parte o se puede programar mediante CD/HD/USB directamente (que sería lo ideal, menos gasto). Eso ya depende de cada modchip. Otros tendrás que flashearlos antes de usarlos. En teoría en las características de cada uno debería indicarte si viene preflasheado o no.
Una vez lo tengas todo lo único que no debes hacer para no ganarte el ban es entrar al live con el modchip activado (hay bios, no recuerdo ahora cuáles en concreto, que te impiden hacerlo).
Saludos.