Hay bastantes tarjetas integradas que convierten la salida según lo que le conectes, ¿has probado a conectar los auriculares a otra salida?, puede que sea posible que tengas ambos conectados.
Sobre lo del USB, hay ordenadores que algunos USBs meten ruido/interferencia por que no están debidamente filtrados. Es algo que a mí también me pasa con la caja emisora de unos Turtle Beach Earforce X-Ray y se soluciona igual, alimentándola externamente al PC. Se supone que hay unos filtros para poner en el USB que mejora el tema, el problema es que o es chino (barato y placa sin carcasa) o son soluciones de gama altita de audio que cuestan un riñón.