Usa algun software independiente a Microsoft para formatear porque el sistema FAT32 puede albergar archivos de mas de 4GB pero MS puso esta limitante. O formatea en NTFS, que no me gusta mucho para memorias USB.
Sin formatear, pues deberas trozear el archivo en varios con Hacha o HJSplit o con tu software de compresion -7zip, winzip, powerarchiver, winace, peazip o winrar-. Si es video y esta en contenedor MKV puedes usar MKVMerge del MKVToolNix y usar la opcion SPLIT y LINK o VINCULO para que a pesar de que el video este en varios archivos este se comporte com un solo archivo de video, asi cuando abres cualquiera de ellos al estar vinculados accedes a toda la pelicula sin requerir abrir manualmente los demas archivos MKV.