Te respondo que he sacado la gamecube del armario hace poco.
Para lanzar los programas que necesitas para lanzar los juegos tienes que usar una sd que no sea sdhc sino normal,creo que tiene que ser de 1gb o 2gb pero esto ultimo no estoy seguro.Una vez lanzado el programa,puedes cambiar la sd (yo tengo una kingston 8gb sdhc) y te leerá los juegos.
Se pueden meter los juegos en .iso pero hay un programa para "comprimirlos" y que se te queden con menos mb,asi podrás meter mas juegos,el programa se llama GCMutility,es muy facil de usar.
Para lanzar los juegos yo uso o swiss o sd-boot,hay muchas versiones de estos programas como por ejemplo
swiss r262 , swiss r280 , swiss 0.2 .. sd-boot 0.3 , sd-boot RC4 .....
Yo uso casi siempre el swiss r280.
Hay una lista de juegos que son compatibles aunque esta obsoleta creo pero sirve de ayuda,busca en google.
El tema de compatibilidad es complicado,hay juegos que van perfectamente,otros que va regular el sonido,otros que se queda la pantalla en negra....