Yo diría que cuando diseñaron el lector no se molestaron en dimensionarlo de acuerdo a los minidvd. Seguramente la mecánica siga siendo la misma que la de un lector standard (cuestion de costes, es más barato aprovechar lo ya existente que diseñar y producir un lector completamente nuevo).
Hay gente, que como el compañero el terry te cuenta, que llevan años con los dvd de 12cm y sin problemas.