Pues creo que eso pasaba en las primeras unidades de la version New Year Edition, Yo tengo una comprada a primeros de Marzo y no tiene ninguno de esos problemas.
Eso si, con la última DS que han comprado en la familia, la mas nueva (de hace 15 dias), cuando llevas un rato jugando dice que se ha extraido el cartucho (parece el tipico problema de los contactos que se dan con mas de un flash, y que, segun dicen, se soluciona con un trocito de cinta para que haga presion). En las otras ds mas antiguas en las que he probado, sin ningún problema, ni de parpadeos, ni de saves; exactamente igual que el modelo antiguo.
En cuanto al emulador, ese, pues no lo se. no lo he utilizado.
A ver si alguien mas te da información.
Saludos