Depende del programa en concreto, porque algunos aunque lo sinstales en otro disco duro o particion, el asistente de instalacion modifica el registro de windows, puede agregar algunos archivos en la carpeta de sistema de windows, etc., mientras, por el contrario algunos programas para funcionar no requieren mas que los archivos de la carpeta donde los instalaste.
Por ejemplo, tengo ISOBuster y PaintShopPro instalados en una particion con windows XP [sistema qyue ya no uso], pero los puedo correr sin problemas desde windows x64 que esta en otrop disco duro, solo cree un icono de acceso directo y vuala.
Pero te digo depende mucho de cada programa en particular.
