Tú puedes hacer imágenes de particiones o de un disco entero, esto significa que se va a hacer una imagen de TODO lo que haya en esa partición o disco. Si haces una imagen de la partición C, se haría la imagen de windows, sus configuraciones, tu carpeta de usuario y lo que tengas en ella, los programas instalados en C, etc. Y si haces una imagen de un disco duro, pues lo mismo, de todo lo que haya en todas las particiones dentro de ese disco, además del MBR del disco y de toda la tabla de particiones.
Desconozco el funcionamiento de la herramienta de Windows, yo sólo trabajé con Clonezilla, y yo te diría de hacer una imagen completa del disco duro, para que se clone también toda la tabla de particiones y el MBR, así si tuvieses que volcarla al disco de nuevo, en principio funcionaría ya. Y si mal no recuerdo, Clonezilla no clona espacio libre (porque hay herramientas, como el comando dd en Linux, que clonan todo LITERALMENTE, es decir, si el disco o partición tiene 5GB ocupados pero su espacio total son 200, crearía una imagen de 200 y no de 5, pero por lo que he visto Clonezilla haría una imagen de 5 en este caso). Ah, y las imágenes las tienes que guardar en un disco aparte, no en el mismo.
si creas una imagen de una partición o disco con 25GB ocupados, te creará una imagen que ocupará 25GB (a no ser que el programa en cuestión de alguna forma comprima los datos, pero desconozco si eso lo hace algún programa). Si te creó una imagen de 0b, algo mal fue ahí.