Los archivos IOS no tienen region y si via wadmanager te deja instalarlos es porque no están corruptos, ya que si variase algún bit, ya no contendría la firma de nintendo original y te darían error al instalarlos.
Puedes instalar todos los IOS que quieras mientras no actualices el system menu, aunque te recomiendo le pases despues el IOS Downgrader para conservar el bug trucha en los que puedas haber actualizado corrigiendo dicho bug.
No instales otros wad que no se llame ios tal o cual y no tendrás problema ninguno, incluso sacando los IOS de un juego PAL, que no es tu zona, como comentas.
Un saludo.