A ver que esto ya está mas que explicado en los tropecientosmil manuales.
Lo primero, si se te sigue quedando colgado el ordenador despues de haber borrado el firmware e intentar abrir el Jungleflasher lo mas seguro es que estés utilizando, o tengas en tu ordenador una controladora sata via, ya sea integrada o no, con lo cual vas a tener que buscar y renombrar o cambiar de sitio el archivo viamraid.sys, una vez que acabes con el flasheo ya podrás volver a ponerlo donde y como estaba. Si se da el caso de que no utilizas una controladora sata, entonces habría que averiguar el porque se te cuelga la máquina.
Respecto al mensaje del arranque del Jungleflasher es muy comun también, y suele ser porque aunque tu no tengas disquetera, en la bios la tendrás activada, con lo cual el jungleflasher te dice que aunque debería de estar no la encuentra. Ese mensaje no tiene la menor importancia, pero si quieres que no te salga, es tan facil como entrar en la bios de tu placa y desactivar todo lo que tenga que ver con las disqueteras, además así te arrancará mas rápido el Jungleflasher, bueno almenos yo así lo solucioné, al igual a ti te sale el mensaje por otro motivo, pero lo puedes probar.
Respecto a lo del firmware si ya lo tienes preparado como dices, simplemente ves a la pestaña de Firmwaretool 32 le das a Open target firmware y seleccionas ese firmware bien preparadito, y luego ya te vas a MTK flash 32 y con el Liteon ya borrado y con el Status 0x72 pues le das a Write y listo, se deberian de grabar los 4 bancos verificartelos y decirte que todo a ido correctamente.
Espero haber ayudado.
Un saludo.