NukuNuku, esas 3 lineas que comentas requieren la existencia de una cuarta de manera implicita.
Ya que en la linea que Cell no encuentra a los androides y mata a Trunks, este Trunks ha viajado al pasado ya, y ha viajado a un pasado en el que no aparecia Cell (pues si no no habria muerto)
El orden sería
Linea 1. Goku muere, los androides matan a todo cristo, todo se va a la mierda. Sobreviven Gohan y Trunks, luego el primero muere, y Trunks viaja al pasado
Linea 2. Esta es la implicita, sería como la de la serie pero sin Cell, es decir , solo alterada por el primer viaje en el tiempo de Trunks. Aqui de alguna manera Trunks consigue como desconectar a los androides (puede ser con el controlador o que se los cargue) por lo que vuelve a
Linea 1: Trunks regresa, acaba con los androides, pero años despues aparece Cell, lo mata y coje la maquina del tiempo. Como esto es un segundo viaje distinto al anterior (llega ante el primer viaje), crea otra Linea temporal
Linea 3. Esta es la de la serie. Aparecen tanto Trunks como Cell. Ocurre todo lo que sabemos, Trunks se hace mas fuerte. Al acabar todo este viaja de nuevo a su futuro, pero como ahora es más fuerte por la aparición de Cell implica que retorna a una Linea diferente a la Linea 1
Linea 4: Trunks vuelve pero esta vez mas fuerte que el que retorna a la Linea 1. Este seria el punto donde se separan las lineas 1 y 4, este Trunks mata a los androides y Cell
En cuanto a Majin Boo en las lineas 1 y 4..Probablemente Babidi no sea capaz en estas de resucitarlo. En la serie utiliza la fuerza de Gohan convertido en Super Siayn 2 para ello. En estas lineas los Gohan y Trunks presentes no tienen el nivel suficiente para resucitarlo