A ver si puedo ayudarte;
Creo que los .sav de 1 mega no funcionan al pasarlos a .dat. Hazlo solo con los de 128 o 64 kb.
El tamaño varía porque el tipo de grabado es distinto. Los cartuchos originales tienen varios tipos de grabado, y el Visualboy, logicamente, también los emula. Los puedes ver en el menu del emu, en opciones > emulador > tipo de grabado (0, si lo tienes en english, options > emulator > save type).
Si usas el M3 Game Manager, haz lo siguiente:
Borra totalmente el juego y el .dat del mismo de la tarjeta de memoria. Despues vuelve a grabar el juego a la tarjeta con el Game Manager. Cuando termine, desde el Game Manager, haz doble click sobre el juego que tienes en la tarjeta, del cual quieres pasar el .sav, y, en la ventana que te saldrá, seleccionas el archivo .dat que verás y le dás al boton "Write .Sav", eliges el archivo .Sav que quieres pasar y listo.