Cuando se descubrieron los primeros fósiles y eso fue mucho antes del S.XIX, aproximadamente del S.XVI son las primeras menciones más o menos científicas se tuvo claro que pertenecían a animales extintos, se explicaba su desaparición por motivo del diluvio universal, serían a nimales no gratos a los ojos de Dios que los dejó extinguir.
Realmente los crecionistas más extendidos (no los muy muy fanáticos que son poquitos les importa una mierda las paradojas de este tipo) no niegan la evolución, simplemente niegan que esta sea aleatoria como es, sino que es dirigida por Dios y tiene un objetivo eso es lo que se llama diseño inteligente. Otros más estrictos niegan la evolución mayor, es decir que una especie pueda transformarse en otra radicalmente distinta, pero aceptan la evolución menor, que una especie pueda modificarse y dar otra distinta pero muy cercana (caso de los famosos pinzones de Darwin) pero siempre siguiendo un plan divino predefinido.